1、舒适性对比
氟系统：空气温度控制精度高，噪音小，制冷制热效果快，但是舒适性和水系统相比较差。
水系统：空气温度控制精度一般，噪音影响小，制冷制热较氟系统相比要慢，但是舒适性高不干燥。
2、节能性对比
氟系统：根据使用场所不一样，节能效果也不一样，氟系统一般适用于小面积长时间开启的办公场所，使用率在50%以内建议使用氟系统更加节能。
水系统：水系统适用于大面积长时间使用的办公场所、酒店、工厂等，使用率达到50以上使用水系统更加节能。
3、成本对比
氟系统：前期成本较高，后期维护较简单，但是后期如有装修布局的更改，则无法增减室内机。
水系统：前期成本较低，后期维护相对来说要复杂一些，但是如后期室内布局发生更改，也可以移动或增减室内机。
4、安装难易对比
氟系统：安装相对水系统要简单，但是需要专业的安装人员进行安装。
水系统：安装比较复杂，需要专业的安装人员进行安装及维护。
中央空调氟系统和水系统都有各自的优缺点，需要根据您的安装环境及后期使用来做选择。